建设工程施工合同在实际履行过程中，因容易受到招投标需要、政策环境调整、施工条件变化、材料价格波动等多重因素影响，在备案合同外存在“补充协议”、“工程施工协议”等多份合同并不少见，产生了通常所说的“阴阳合同”。合同双方以“可示于阳光下的备案合同”作为通关文书，又以“见不得阳光的实际履行合同”作为行为守则，“备案合同”与“实际履行合同”这对“阴阳合同”在内容上有所冲突或悖离在所难免。当争议发生时，以哪份合同作为各方权利义务履行依据？如何认定相关合同及具体条款的有效性？简要分析如下：

一、经招标的建设工程

经招标的建设工程包括两种：一是法律法规规定必须进行招标的建设工程；二是依法经过招投标程序的建设工程。此类建设工程的备案合同即是最高法《建设工程合同纠纷司法解释》第21条所述“备案的中标合同”，适用规则为：

1.严格按照“备案的中标合同”履行各项权利义务，实际履行合同与其有冲突或悖离的，以备案合同为准；

2.实际履行合同对备案合同有实质性内容变更的，则变更无效。有关工程范围、期限、价款、质量、争议解决等条款均是建设工程合同的实质性内容；

3．实际履行合同因实际施工中的情势变化，对备案合同作具体补充的，则实际履行合同合法有效，可以与备案合同一并作为双方的履约依据。

二、未经招标程序的建设工程

未经招标程序的建设工程，遵循合同双方意思自治原则。鉴于备案合同和实际履行合同在缔约时间上的顺序性，当备案合同与实际履行合同不一致时，一方请求按照实际履行合同确定双方权利义务，如不能证明实际履行合同违法或违反自愿，则应当根据实际履行合同确定双方权利义务。

三、特殊情况

建设工程虽然经过招投标程序，但在招投标程序之前，双方签订了标前合同，标前合同与备案的中标合同不一致，如何确定双方权利义务的依据：因标前合同违反招投标法，中标合同虽然备案但属无效合同。此时，以双方的标前合同或实际履行合同作为权利义务确定依据。

根据上述总结，对实务中建设工程“阴阳合同”适用的判断流程和重点事项简要绘图如下：

 

即首先要审查该工程是否经过招投标程序或必须经过招投标程序。经招投标程序的，进一步审查是否有标前合同：有标前合同，则因备案的中标合同无效而适用标前合同或实际履行合同；无标前合同，则对实际履行合同是否实质性变更备案合同，决定是否能够适用实际履行合同。没有经过招投标程序的，则主要以备案合同与实际履行合同缔约时间的先后顺序来确定适用依据。

相关法条：

《中华人民共和国招投标法》

第57条“招标人和中标人应当依照招标投标法和本条例的规定签订书面合同，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（2005年1月）

第21条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”